اطمینان از سلامت نمونه خون بندناف وعاری بودن آن از هرگونه آلودگی میکروبی به طور جدی مورد توجه بخش کنترل کیفی است. این بررسی در آزمایشگاه میکروب شناسی انجام می‌شود و در صورتی‌که آلودگی نمونه با عوامل میکروبی بیماری‌زا به اثبات برسد نمونه از پروسه فریز خارج می‌شود. مهمترین علت آلودگی میکروبی، آلودگی حین انجام خونگیری از بندناف در اتاق زایمان است که خوشبختانه با آموزش‌های مداوم کارشناسان خونگیری، از آلودگی به میزان قابل توجهی کاسته شده است.